Das Zandergenom im Blick – für eine fischgerechte regionale Aquakultur

Diversitätsanalyse des Zandergenoms zur Entwicklung molekularer Bioindikatoren für die fischgerechte regionale Aquakultur

Das übergreifende Thema dieses Projektes ist die Domestikation einer neuen Gruppe von Spezies durch den Menschen: die Fische. Was bei Schweinen schon seit ca. 10.000 Jahren und bei Fischen, beginnend mit dem Karpfen, seit erst wenigen Jahrhunderten erfolgt, rückt aufgrund schwindender natürlicher Ressourcen bei stetig steigendem Bedarf heute für eine Reihe von Edelfischen in den Mittelpunkt – die Zucht.

Dabei geht es in diesem Projekt vor allem um das Tierwohl der Fische in modernen Aquakulturanlagen. Es sollen Biomarker beim Zander gefunden werden, die als Parameter für das Wohlbefinden des Fisches in der weiteren Züchtung genutzt werden können. Hier erfolgt die Forschung zum Tierwohl nicht an der Aquakulturtechnik sondern am Fisch selbst.

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Larbor im FBN Dummerstorf

Labor im FBN Dummerstorf

Labor im FBN Dummerstorf

Projektleitung 

Leibniz-Institut für Nutztierbiologie Dummerstorf
Institut für Genombiologie
Abteilung Fischgenetik
  

Projektbearbeiter

Projektkoordinator:
PD Dr. habil. Tom Goldammer (Ltr. Abt. Fischgenetik)


Projektmitarbeiter:
Dr. Dörte Wittenburg (Institut für Genetik und Biometrie, FBN, Dummerstorf)
Dr. Ronald M. Brunner (Institut für Genombiologie, FBN, Dummerstorf)
Dr. Alexander Rebl (Institut für Genombiologie, FBN, Dummerstorf) 


Über Projektmittel angestellte Mitarbeiter:
Dr. Marieke Verleih (BRD)
MSc Julien Alban Nguinkal (Republik Kamerun)
MSc Lidia de los Rios Perez (Vereinigte Mexikanische Staaten)
MSc Nadine Schäfer (BRD)

 

Laufzeit

April 2017 bis März 2020

 

Finanzierung

Das Projekt wird gefördert aus Mitteln des Europäischen Meeres- und Fischereifonds (EMFF)
und des Landes Mecklenburg-Vorpommern.

 

Projektpartner

  • Landesforschungsanstalt für Landwirtschaft und Fischerei Mecklenburg Vorpommern, Institut für Fischerei

 

Publikationen und Veranstaltungsbeiträge

Manuskripte (peer reviewed)

  • Julien Alban Nguinkal, Ronald Marco Brunner, Marieke Verleih, Alexander Rebl, Lidia de los Ríos-Pérez, Nadine Schäfer, Frieder Hadlich, Marcus Stüeken, Dörte Wittenburg and Tom Goldammer. The First Highly Contiguous Genome Assembly of Pikeperch (Sander lucioperca), an Emerging Aquaculture Species in Europe. Genes 2019, 10(9), 708; https://doi.org/10.3390/genes10090708  - 13 Sep 2019
  • Swirplies F, Wuertz S, Baßmann B, Orban A, Schäfer N, Brunner RM, Hadlich F, Goldammer T, Rebl A. Identification of molecular stress indicators in pikeperch Sander lucioperca correlating with rising water temperatures. Aquaculture. 25 Feb 2019; 501:260-271.https://doi.org/10.1016/j.aquaculture.2018.11.043
  • de Los Ríos-Pérez L, Nguinkal JA, Verleih M, Rebl A, Brunner RM, Klosa J, Schäfer N, Stüeken M, Goldammer T, Wittenburg D (2020). An ultra-high density SNP-based linkage map for enhancing the pikeperch (Sander lucioperca) genome assembly to chromosome-scale. Sci Rep. 2020 Dec 18;10(1):22335. DOI: 10.1038/s41598-020-79358-z
  • Nadine Schäfer, Yagmur Kaya, Henrike Rebl, Marcus Stüeken, Alexander Rebl, Julien A. Nguinkal, George P. Franz, Ronald M. Brunner, Tom Goldammer, Bianka Grunow, and Marieke Verleih (2021). Insights into Early Ontogenesis: Characterization of Stress and Development Key Genes of Sander lucioperca (L., 1758) in vivo and in vitro. Fish Physiology and Biochemistry (in press).

Poster

  • Rebl A, Swirplies F, Würtz S, Baßmann B, Schmidt G, Hadlich F, Schäfer N, Brunner RM, Goldammer T.: PCR-Analysen zur Einschätzung des Wohlbefindens von Zandern in Aquakultur; Deutscher Fischereitag 2018, Lübeck
  • Nguinkal JA, Brunner RM, Verleih M, Schäfer N, Rios Pérez Ldl, Rebl A, Wittenburg D, Goldammer T.: Towards the draft genome sequence and annotation of Sander lucioperca (pikeperch); 13th International Congress on the Biology of Fish, July 15th-19th, 2018, University of Calgary, Alberta, Canada, P80.
  • Nadine Schäfer, Marieke Verleih, Fabian Swirplies, Tomáš Korytář, Alexander Rebl, Tom Goldammer (2018) The significance of stress-inducible transcription factors for early stress immune responses of Sander spp.. Fish Immunology Workshop - Cell Biology & Immunology, Aquaculture & Fisheries. 29.04-03.05.2018, Wageningen, Niederlande.
  • Goldammer T, Swirplies F, Wuertz S, Baßmann B, Orban A, Schäfer N, Brunner RM, Hadlich , Rebl A., Verleih M. (2019). Analysis of adaptive plasticity of pikeperch (Sander lucioperca L., 1758) after temperature change based on gene expression data. P76. 37th Conference of the International Society of Animal Genetics (ISAG), 07.-12.Juli 2019, Lleida, Spanien.
  • Lidia de los Ríos-Pérez, Marieke Verleih, Alexander Rebl, Ronald M. Brunner, Julien A. Nguinkal, Nadine Schäfer, Tom Goldammer, Marcus Stüeken, Dörte Wittenburg (2019). Study of genomic variation with whole genome sequencing in pikeperch (Sander lucioperca). 19th Aquaculture Europe Conference - Our Future Growing from Water. 07-10-Oktober 2019, Berlin, Deutschland.
  • Schäfer, M. Verleih, T. Korytář, A. Rebl, J. Matoušek, J. Chabera, V. Stejskal, M. Stüeken, R. M. Brunner, J. A. Nguinkal, L. de los Ríos-Pérez, T. Goldammer (2019). Impact of hypoxia stress on the immune status of farmed pikeperch (Sander lucioperca l., 1758). 19th Aquaculture Europe Conference - Our Future Growing from Water. 07-10-Oktober 2019, Berlin, Deutschland.
  • Tom Goldammer, Julien A. Nguinkal, Lidia de los Ríos-Pérez, Nadine Schäfer, Frieder Hadlich, Marcus Stüecken, Olaf Wolkenhauer, Ronald M. Brunner, Alexander Rebl, Marieke Verleih and Dörte Wittenburg (2019). Genomic tools for the aquaculture of pikeperch (Sander lucioperca). 19th Aquaculture Europe Conference - Our Future Growing from Water. 07-10-Oktober 2019, Berlin, Deutschland.
  • Verleih, N. Schäfer, F. Swirplies, S. Wuertz, S. Kanne, R. M. Brunner, J. A. Nguinkal, L. de los Ríos Pérez, M. Stüeken, D. Wittenburg, A. Rebl and T. Goldammer (2019). Quantification of stress and developmental key genes during early ontogenesis of pikeperch (Sander lucioperca). 19th Aquaculture Europe Conference - Our Future Growing from Water. 07-10-Oktober 2019, Berlin, Deutschland.

 Vorträge

  • Goldammer T, Swirplies F, Wuertz S, Baßmann B, Orban A, Schäfer N, Brunner RM, Hadlich , Rebl A., Verleih M. (2019). Analysis of adaptive plasticity of pikeperch (Sander lucioperca L., 1758) after temperature change based on gene expression data. O76. 37th Conference of the International Society of Animal Genetics (ISAG), 07.-12.Juli 2019, Lleida, Spanien.
  • Goldammer T, Optimierung der Zanderzucht in Rezirkulierenden Aquakultursystemen (RAS) über multiparametrisches Monitoring. 10. Büsumer Fischtag, 6.Juni 2019, Büsum, Deutschland.
  • Ngunikal, J.A. (2019). Deciphering the genome of Pikeperch for a successful Breeding Program in Intensive Aquaculture. Day of the Doctoral Students, 07.November 2019, Dummerstorf, Deutschland.
  • Schäfer N. (2019) Impact of hypoxia stress on the immune status of farmed pikeperch (Sander lucioperca l., 1758). Day of the Doctoral Students, 07.November 2019, Dummerstorf, Deutschland.
  • Julien A. Nguinkal, Lidia de los Ríos-Pérez, Nadine Schäfer, Frieder Hadlich, Marcus Stüecken, Olaf Wolkenhauer, Ronald M. Brunner, Alexander Rebl, Marieke Verleih, Dörte Wittenburg and Tom Goldammer (2019). The draft of the genome of Pikeperch (Sander lucioperca). 19th Aquaculture Europe Conference - Our Future Growing from Water. 07-10-Oktober 2019, Berlin, Deutschland.
  • Schäfer, M. Verleih, T. Korytář, A. Rebl, R. Brunner & T. Goldammer (2019). Influence of hypoxia stress on the immune response of pikeperch (Sander lucioperca L., 1758). O-016. 3rd International Conference on Fish & Shellfish Immunology, 16-20.Juni 2019, Las Palmas, Gran Canaria, Spanien.

 

Kontakt
Leibniz-Institut für Nutztierbiologie
Institut für Genombiologie
Abteilung Fischgenetik
Wilhelm-Stahl-Allee 2
18106 Dummerstorf
Prof. Dr. Tom Goldammer
Telefon: + 49 (0) 38208 68708